La Direcció de la Red Asistencial Juaneda ha apostat per un Sistema de Gestió de Qualitat basat en el model SEP (Sanidad Excelente Privada). Aquest sistema compleix amb els estàndards acceptats a Europa i a la resta del món occidental, els quals comporten específicament el compliment tant de la reglamentació aplicable a la sanitat com dels criteris que es dicten en la norma internacional ISO 9001:2000.
El programa SEP va ser impulsat per la Federación Nacional de Clínicas Privadas i inclou estàndards d'altres models internacionals de prestigi reconegut (EFQM i Joint Comission). La seva implantació constitueix una forma més de demostrar el compromís de l'organització amb la millora contínua i la preocupació per integrar adequadament la gestió de qualitat, del medi ambient i de la prevenció de riscos en relació a les tasques operatives diàries de tot el centre.